对于一体化污水提升泵站废水再生和回用，人们最为担忧的潜在卫生问题是，回用水中的病原菌有可能导致传染病的传播。在美国，回用水的水质受到严格的控制，尚未因废水回导致传染病暴发，然而仍然存在潜在危险。尤其是在发展中国家，将未经处理或未处理完全的废水直接回用，引起人们对公共卫生问题的普遍担忧。

　　随着卫生一体化污水提升泵站工程的发展，人们对水媒病原微生物的担忧也在不断变化。最近一百多年来，人们不断推进病原微生物及其药物的研究，同时发展了对病原微生物的微生物学及流行病学的检测手段。

　　在10世纪60年代，微生物被首次确认为英格兰霍乱的真凶。

　　1884年，德国儿科学家及细菌学家首次从霍乱病人粪便中分离出霍乱的疑似病原微生物，并命名为大肠杆菌。

　　1892年，纽约州健康委员会利用TheohaldSmith开发的发酵管方法，研究了摩和克河的污染同伤寒传播之间的关系，在20世纪20年代，伤寒的病原菌被确认为伤寒沙门氏菌。

　　20世纪60年代，蓝氏贾第鞭毛虫成为人们关注的重点。随后，轮状病毒和诺瓦克病毒被确认为20世纪0年代初期众多传染病暴发的元凶。再后来，微小隐孢子虫被首次确认为20世纪80年代暴发的水媒疾病的病原菌。